Οι πρώτοι που το κατοίκησαν προέρχονταν από πληθυσμούς που κατέβηκαν στην Πελοπόννησο. Οι περισσότεροι από αυτούς ήταν κτηνοτρόφοι. Πρώτη μνεία για τον Αγιάννη γίνεται το 1500 σε τουρκικό κατάστιχο. Δεύτερη αναφορά εμφανίζεται σε προεπαναστατικό χάρτη όπου αναφέρεται ως S. Jean. Στα επόμενα χρόνια υπάρχουν πολλές αναφορές για το χωριό από περιηγητές και ιστορικούς. Στην απογραφή του 1829 ο Άγιος Ιωάννης είχε περίπου 220 κατοίκους, το 1851 είχε 421 κατοίκους, ενώ το 1879 οι κάτοικοι μειώθηκαν στους 347.